Сделал выгрузку, хочу в конце транзакции снять регистрацию. Какая типовая процедура это делает?

типовая может и есть, но можно и самому вызвать метод плана обмена, строчка кода

(1) +1

типа планобмена.снятьрегистрацию(ссылка)
вроде не сложно, или есть особенности?

Да это понятно, но мне надо снять со всего кеша, и типовой процедурой желательно, как ее найти?

с какого кеша ?_?

(4) поиск "ПланыОбмена.УдалитьРегистрациюИзменений(" по БСП дает 27 результатов. Перебери их все и посмотри есть ли то, что тебе нужно.
Но проще просто написать
ПланыОбмена.УдалитьРегистрациюИзменений(...