Есть справочник "Сотрудники". В нем реквизит "ВсеОтделы"(булево) и табчасть "Отделы".
В запрос передается параметр "Отдел".

Подскажите, как одним запросом выбрать всех сотрудников, у кого в табчасти есть передаваемый отдел, или стоит галка "ВсеОтделы" ?

Мда

где отдел=1 или ссылка.всеотделы

Запрос по табличной части делать нужно тебе.

(2) а основная таблица какая? если табчасть, то она может быть пустой.
Если основная таблица - справочник, то только вложенный запрос?