Предполагаться, что у каждого вида отчетности будет своя печатная форма, пытаюсь это реализовать путем заведения справочника, у него должен быть реквизит содержащий в себе ссылку на доп отчет. Как это лучше реализовать? хотелось бы, что бы всплывала форма выбора отчетов, лучше с отбором.

Отчеты это не ссылочные данные

Окрыть доп. отчет можно по ссылке и ключу варианта:

&НаКлиенте
Процедура ОткрытьВариантДополнительногоОтчета(Ссылка, КлючВарианта)
    
    Если ТипЗнч(Ссылка) <> Тип("СправочникСсылка.ДополнительныеОтчетыИОбработки") Тогда
        Возврат;
    КонецЕсли;
    
    ИмяОтчета = ДополнительныеОтчетыИОбработкиВызовСервера.ПодключитьВнешнююОбработку(Ссылка);
    
    ПараметрыОткрытия = Новый Структура("КлючВарианта", КлючВарианта);
    Отбор = Новый Структура;
    Отбор.Вставить("Партнер", Партнер);
    ПараметрыОткрытия.Вставить("Отбор", Отбор);
    ПараметрыОткрытия.Вставить("СформироватьПриОткрытии", Истина);
    
    Уникальность = "ВнешнийОтчет." + ИмяОтчета + "/КлючВарианта." + КлючВарианта;
    ОткрытьФорму("ВнешнийОтчет." + ИмяОтчета + ".Форма", ПараметрыОткрытия, Неопределено, Уникальность);
    
КонецПроцедуры