Причем только по одному подразделению и одной НГ. Все остальные НГ закрываются в "ноль".
В распределении затрат с отбором по проблемному подразделению  и распределением на выпуск указан фильтр некоторой продукции, куда списываются затраты.
Все аналогично другим способам, где все работает.
Подскажите, каким отчетом можно выловить причину проблемы, на что обратить внимание?

Ведомость по МПЗ, Ведомость по учету затрат

смотря какие затраты

Затрата является прямыми расходами на 20.01.1 НУ? Или косвенными на 20.01.2? Где минус?

БУ = НУ+ПР+ВР выполняется?

Ну еще проверить надо, соответствуют ли проводки регистрам.