Никогда не задумывался, но...

Есть одна конфигурация. Есть вторая.
Сравниваю-объединяю.
В первой есть реквизит, во второй нет.
После объединения реквизит остаётся.
Как можно сделать так, чтобы он перестал оставаться?

(0)
1. В настройках сравнения разрешить удалять объекты.
2. Поставить галочку напротив реквизита

+1 и только если обновление потомок обновляемой, кажись так

Хм... Надо попробовать...

(2) Когда про "потомков" приговариваешь - емнип еще и сравнение идет не по названиям, а по идентификаторам. Но кажись там и без "потомков" можно где-то указывать приоритеты конфигураций в сравнении.

(3) стыдно вообче должно быть )

(5) Ничуть.

(6) нет, тебе стыдно, я это хорошо понимаю (с)

(5) +1
миста в шоке от таких вопросов от ТС

Сравнение конфигураций - это как езда на велосипеде? :)