Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.Текст = "ВЫБРАТЬ
                   |    СчетНаОплатуПокупателю.ДоговорКонтрагента.бит_стр_Строительство.бит_стр_Проект КАК Проект
                   |ИЗ
                   |    Документ.СчетНаОплатуПокупателю КАК СчетНаОплатуПокупателю
                   |ГДЕ
                   |    СчетНаОплатуПокупателю.Ссылка = &Ссылка";
    Запрос.УстановитьПараметр("Ссылка", Основание);

в чем вопрос?

Мне нужно получить значение реквизита из одно справочника, который доступен по ссылке. Если я через точку в запросе буду обращать это корректно будет?
В счете покупателей есть договор, в договоре указана номенклатурная группа (это реквизит "бит_стр_Строительство"), в номенклатурной группе указан проект (это реквизит "бит_стр_Проект").

Если у тебя все реквизиты определённого типа (нет составных) - никакого криминала тут нет.

В данному (3) случае не составные. А если составные здесь хватит функции Выразить()? Почему-то предполагал, что правильней через связи это делать, т.е. делать связи через справочники. Или это одно и тоже?

(4) в случае простого типа - одно и тоже. В случае составного "выразить" эквивалентно конкретной связи

(0) а почему не используется ОбщегоНазначения.ЗначениеРеквизитовОбъекта()? Там тоже можно поля через точку получать.

Если получение реквизита не часто и не в цикле используется, а например при проведении 20-30 документов в день, то и составной тип через точку не вижу криминала получать. Иначе в погоней за совершенством кода можно потерять что-то другое.