Здравствуйте. Возникла проблема. Клиент, не дожидаясь обновлений, добавил себе в план счетов субсчета 27.1 и 27.2. Сейчас их 1С добавила в БГУ 1.0 в последний релиз 66.13. При обновлении и заходе в предприятие
возникает ошибка дублирования счета. Как правильно поступить? По добавленным счетам уже остатки задвигались.

(0) Добрый день, попробуйте поиск и замену ссылок. Или как-то еще замените ссылки на счета в базе

никакого поиска и замены.. Щас назаменяшь на свою голову. :)

В БГУ куча двойных счетов и никаких проблем. БГУ особенный план счетов :). С периодами действия.
В том числе и счет в сабже.
Хотя.. 27 счет в типовой не так нагляден, посмотри рядом 26.
Все легко регулируется датами начала и окончания действия.  Ну и, естественно, переносами остатков в межрасчетный период. Сервис-служебные-помощник переноса остатков между счетами.
Вот как выглядит кусочек типового плана счетов:
https://yadi.sk/i/8BJvLo10gnu2hg

(2) У счетов, которые в типовой БГУ, начало действия - 1 января 2021, а если у добавленных вручную счетов были движения после 1 января, нормально будет дату закрытия поставить 31.12.2020?