Доброго времени.
Подскажите, как технически правильнее проделывать САБЖ..

Есть конфа. Основная и пара расширений имеют подключение к хранилищу.  При обновлении мне надо захватывать все объекты -> Обновлять -> Заливать в хранилище?

У меня такая же весчь!
По порядку:
1) Обновляем конфу из хранилища и так же обновляем расширения из хранилища
2) Отключаем расширения и конфу от хранилища
3) Отключаем расширения от конфы
4) Обновляем конфу
5) Подключаем расширения и проверяем совместимость (исправляем все возникшие проблемы), проверяем на возможность применения
6) Если все успешно, создаем новые хранилища и подрубаем туда обратко расширения и конфу
7) (!Только у меня! старые хранилища нужны для архива или проверки что было раньше)

(1) А если не нужны? можно без отключения от хранилища?

Можно, все захватываете, обновляетесь, после обновления и исправления ошибок, помещаете обратно в хранилище

(0) >> захватывать все объекты -> Обновлять -> Заливать в хранилище?

Да. Главное - захватить всю конфигурацию, начиная с корня.

Зачем в (1) происходит отключение от одних хранилищ и создание новых - не совсем понятно. Видимо какие-то свои особенности.

(1) История хранилища же и так хранится. И можно посмотреть любой экземпляр. В чем подвох?