номенклатуры.

Причём пустых на порядок больше, чем битых. Это разные ошибки или одно и то же?
В битых основные поля - номенклатура, склад, характеристика - пустые.

(0) Ну создай один документ и посмотри, какие ключи появятся.

(1) Сделал. Ключи нормальные. Замером производительности не нашёл момент создания ключей аналитики.

Это скорее всего разные ошибки имеющие в основании одну причину. Попробуй сделать соответствующие доки руками и выведи ВСЕ реквизиты заполненные в этих документах и сравни с тем, что заполнено у тебя при программном заполнении... Причем, надо учитывать, что могут быть еще ошибки при программном создании номенклатуры (контрагентов) и т.д. В справочниках тоже могут быть заполнены не все поля и это тоже может играть значение...

(3) Спасибо, это попробую.

Но тут вижу вообще странное. Смотрю последовательно все поступления одного товара одной характеристики по одному складу, дающего ошибку. И по нему есть вперемешку нормальные ключи и пустые. Даже после того, как появился нормальный ключ - он оказывается в документе пустым.

(4) Наталкивался когда-то на подобное. Сейчас уже не вспомню - то ли что-то не было заполнено в реквизитах, то ли сами ключи подхватывались неправильно при записи-проведении. В любом случае, первый шаг - сравнение заполненности реквизитов...

(2)[нашёл момент создания ключей аналитики]
чудно, при записи документа заполняются виды запасов