Периодически какая-то мистика и кого-то из сотрудников стажи, типа, становятся равны нулю. И, типа, надо их забить заново. Подозреваю, что кто что--то из пользователей делает неправильно, очищая стаж, но как это он может делать физически - не очень понятно, т.к. нетривиально же. Но может ошибка в проге. Ни у кого такого не было? Как бы вы примерно искали решение этой проблемы?

Если проблема иногда всплывает, то нужно найти места в программе (глобальным поиском), в которых это потенциально глючит.
Обычно, при отсутствии обменов между базами, таких жалоб не возникает. Может где-то что-то создается программно и там есть ошибка? Но такие места можно проверить через поиск.

Стажи по методике их регистрации цепляются не на сотрудника, а на физлицо. Но это надо проверять в коде.