Добрый день!
Подскажите, в бухгалтерии 3.0 если с определенного периода изменить код контрагента вручную, на что-то это может повлиять критично? в процессе ведения учета

(0) в самой бухгалтерии скорее всего не на что
все зависит как настроены взаимодействия с другими системами

Если у тебя нигде нет НайтиПоКоду() - то не критично. Главное, уникальность соблюсть.

(1) (2) Спасибо!

Если вдруг возникла задача поменять код - значит он для чего-то точно используется. Вероятно как раз упомянутые в (1) взаимодействия. Вот они могут поехать, да.