На форму элемента справочника драг-дропом вытащил команду(из глобальных) создания документа
Теперь потребовалось передать параметры.
Можно ли это сделать и как или рисовать свою команду-кнопку?
Создай реквизит формы - Ссылка нужного типа и подключи его в качестве параметра команды. Ну и при любом изменении нужного значения, обновляй этот реквизит.