Открываю отчет из документа так:
ПараметрыОтчета = Новый Структура;
ПараметрыОтчета.Вставить("ИмяОтчета", "МойОтчет");
ПараметрыОтчета.Вставить("СформироватьПриОткрытии", Истина);
ПараметрыОтчета.Вставить("ПользовательскиеНастройки", ЗаполнитьНастройкиОтчета());
ПараметрыОтчета.Вставить("Отбор" , Новый Структура("Организация", ПолучитьСписокОрганиаций()));
ОткрытьФорму("Отчет.МойОтчет.Форма", ПараметрыОтчета, ЭтотОбъект);

Отчет открывается и формируется, но если захочу отключить в нем отбор по организации, то этого не получится сделать. Открваю настройки, снимаю галку с отбора по организации, нажимаю "Закрыть и сформировать" - отчет формируется с отбором, открываю настройки - галка установлена. Как это побороть?

Решена проблема.