Прислали токен от бота. Через URL коннекты понятно. Описано много и везде. А через сам клиент телеграмм как законектиться, чтобы изменить описание и т.п. ?

Сменить владельца в botfather. и можно делать с ботом что угодно.

(1) Ух ты. Он жестко привязан к одному юзеру оказывается. Получается без программирования своего бота может настраивать только владелец?

(2) через API можно кое-что поменять. https://core.telegram.org/bots/api#setmycommands

(3) Хм, а в чем логика у них...? Только владелец может настраивать, через клиента телеграмма, а все остальные через HTTP запросы.