При первом сканировании (при включении пк) бейджика сотрудника, ставит в начале штрих кода Х. Все последующие заходы в 1с правильно считывают код. В чем может быть дело?

весело у вас там

как бы намекает

В режиме разрыва клавиатуры работает?
Скорее всего в настройках сканера что-то не так или сам сканер плохо работает

Сканер какой модели  ?

При открытии формы нужно сразу подключать оборудование.
Возможно оно еще не подключено и после первого сканирования оно подключается.