Есть ли какой-то метод, выгрузки финальной CF, после применения расширений?

Там же перед компиляцией явно создается общий файл ...
Или это в раздел юмора уйдет?

Сравнение и объединение видоизмененного через XML расширения не предлагать.

каким боком расширения попадают в cf? Они на то и расширения, чтоб лежать всегда сбоку...

(1)

Имхо, автор хочет команду в конфигуратор "Слить основную конфигурацию и все расширения в один общий cf-файл"

(0) Официального нет.