В один из дней документы Счет-фактуры выданные и корректировочные на реализации стали не проведенными.
По журналу только в последнее время "обмен".
Что могло стать причиной?
Может они и были непроведенными, а только сейчас заметили. Это частая ситуация. Сделайте копию базы и попробуйте в ней провести. Может они и не проведутся вовсе.