БП, обновление с релиза 3.0.174.30 на 3.0.177.30. В таблице сравнения объектов отчет РегламентированныйОтчет3НДФЛ присутствует в двух строках.
В первой: В старой конфигурации он есть, в новой - отсутствует;
Во второй: В старой отсутствует, в новой - есть.
При попытке обновить выдается сообщение, что на объект РегламентированныйОтчет3НДФЛ есть ссылки и удалить его невозможно.

Как быть?

Давно этим не заморачивался, возможно с тех пор многое изменилось... дерзайте:
"Сравнение двух объектов одной конфигурации, без танцев с бубнами - в пару кликов"
https://infostart.ru/1c/articles/625334/
Автор статьи тот ещё погроммист с нестандартным образом мышления :) но методику установки соответствия объектов конфигураций озвучил верно.

(0) Смотрю в хрустальный шар... Позовите мне Вия! Ступайте за Вием!

Поднимите мне веки - не вижу...
Конфа не закрыта, справа от объектов жёлтые коробочки (иконка) без замочков.
Но есть дубль для 3-НДФЛ. Он отличается тем, что справа от него вообще нет иконки.
Переименуйте его, добавив на конце имени:
_$

После чего попробуйте удалить. Прогамма прифигеет и предупредит, что на это имя уже появилось 600 ссылок.

Тогда идите на Правка - Глобальная замена (только Модули) и поменяйте _$ на без оного.

Теперь смело удаляйте бессылочный объект.
Вижу... вижу... Теперь кнопка обновления конфигурации сработала.

Проверь, что именно за ссылки.
Полагаю, у подчиненных объектов самого отчета не все галки стоят "удалить"

(3) Бесполезно писать. Автор уже сделал (2) и всё обновилось как надо.
Он у нас специфический... Помните Берга в "Войне и мире"? Тот во ВСЕХ беседах всегда молчал и говорил только когда его спрашивали и говорил исключительно о себе. Не о себе ему было неинтересно.
Гляньте профиль автора - под тысячу постов и все до одного только в своих многочисленных ветках, ни одного поста в чужой для автора ветке. И ни одного "Спасибо".  
Да вот хоть ткнул наугад:
ЗУП. Стандартный отчет. Как задать конец дня?

В следующий раз автор объявится только в новой своей ветке.