Добрый.
1. Есть состояние расширения до внедрения (А).
2. Есть состояние расширения после доработок Программиста1 (Б).
3. Есть состояние расширения после доработок Программиста2 (В).
Не нашел в конфигураторе как сделать 3-х стороннее сравнение/объединение, только EDT сейчас может?

(0) WinMerge тебя спасет. Еще есть KDiff3 + P4Merge.
В общем вариантов масса. С такой длиной полоской уже надо бы знать.

(1) не спасёт его

вы сами-то пробовали расширения с трех сторон сравнивать?

(2) Постоянно. Правда не в самой 1С, а через выгрузку в файлы, у меня просто уже скриптов пачка на Питоне для всякого работы с текстовыми файлами валом. Мне так удобнее.
Но и в 1С оно работает тоже.