Подскажите как в этом зупе докопаться до причины сего.

В январе - все ОК, с февраля занижает НДФЛ и все тут.

Факты, в студию!

(1) Достаточно и хрустального шара: детские вычеты и ежемесячная правка НДФЛ вручную.
В первый раз это случилось в начале февраля при выплате январской зарплаты. Программа дала и вторые вычеты за февраль. Расчётчица принудительно увеличила вручную НДФЛ под январский квиток. И так пять месяцев подряд: программа добавляет вычеты, т.е. уменьшает НДФЛ, а расчётчица вручную НДФЛ увеличивает.

Это следует из анализа слов расчётчицы, любезно нам переданных добуквенно автором:
"С февраля показывает", а не "в феврале показало".
Действие с февраля непрерывно-кусочное, т.е. проявляется во всех месяцах с февраля.

(2) Тогда видимо и планируемую даты выплаты в начислении ставят последний день месяца, а не реально планируемую. Ну сами себе буратины тогда

(3) Давайте всё же подождём автора. Пока у нас только гипотеза, которая далековата от реальности, потому что такого рода крики должны были пройти в феврале. Согласитесь, что редкий бухгалтер обратится к программисту только в конце июня.

В копии распровел все документы начислений и выплат с января по июнь.

потом последовательно провел документы отдельно по периодам действия.

Сначала все начисления за январь, потом все выплаты за январь и дальше тем же образом.

Теперь в квитках все ОК с НДФЛ ... Странно, конечно.

(5) Ничего странного, если каждый месяц правили НДФЛ вручную. Его увеличивали, а он, подлец, каждый месяц опять уменьшался.

Для меня странно только - почему обратились к Вам не в феврале, а в июне.