При вызове с мобильного клиента, нужно на сервере проверять существование файла, с периодом например 50мс, но не более 2 сек

(0) У вас с логикой приложения что то не але.

ну такое приложение) оно по запросу отдает имя файла
но может отдать сразу, а может и не отдать вообще
мне нужно получить это имя файла, но ждать не более 2 сек

сейчас работает через http-сервис

ФайлСуществует = 0;
Для Й = 1 По 20 Цикл
    ВызватьПаузу(50);    // куда же без нее)
    ФайлСуществует = ФайлОтвета.Существует();
    Если ФайлСуществует Тогда
        Прервать;
    КонецЕсли;        
КонецЦикла;  

но хочу избавится от апачи и http-сервисов

Пауза через фоновое задание давным давно работает в 1С

(2)

1)
>> но хочу избавится от апачи и http-сервисов

А мобильный клиент с сервером будут телепатически общаться ?

2) Добавить асинхронность нельзя ?
Клиент:-  Сервер, где мой файл ?
Сервер: - Сделаю, заходи позже, вот твой тикет (guid, например)

<Через 2 секунды>
Клиент: - Вот номер тикета
Сервер: - Достаёт файл из кэша и отдаёт

Если есть форма, то подключить обработчик ожидания